《破冰行动》大结局是以李飞为首的“雷霆扫毒专项行动”圆满完成，贩毒的窝点也被警方一锅端起，但是民警李飞的亲生父亲却死了;马雯在最后行动中中枪成为植物人，而李飞最后远走新疆，陈珂和李飞也并没有在一起。