流程上的区别，财政直接支付直接上报财政局国库支付中心。财政授权支付需要先向财政部申请财政授权支付用款额度；指令签发方的区别，财政直接支付由财政部门向中国人民银行和代理银行签发支付指令。财政授权支付由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令。