大小区别：细菌菌落一般较小，甚至是比较不起眼的；而真菌菌落明显会比细菌菌落大。颜色区别：细菌菌落的颜色一般都比较淡和浅，多为白色、透明色、黄色；真菌菌落颜多且较深，常见的颜色有绿、黑、褐、黄、绿色等。形态区别：细菌菌落表面光滑或粗糙，而真菌菌落的形状各式各样。