1、理念不同：注册制和核准制作为两种不同的证券发行监管制度，反映了不同的政府监管理念，实质就是政府在证券发行过程中到底应该扮演什么样的角色、发挥怎样的作用；2、效果不同：注册制与核准制各有优劣，这也是二者长期并存的根源；3、具体操作不同：两者在法律基础、审核内容等方面都有所区别。